
Kun opaskoira on peruskoulutettu, järjestetään sen tulevan käyttäjän ja koiran yhteistyökoulutus. Noin kuukautta ennen yhteistyökurssien alkamista määritellään koulutuksessa olevien tulevat koirien käyttäjät. Monta suunnittelukokousta ja neuvottelua koirankäyttäjien kanssa tehdään, ennenkuin sopivat parivaljakot eli opaskoirakot löytyvät.
Yhteistyökoulutus on tavallisesti kahden ja puolen viikon mittainen jakso loma- ja kurssikeskus Onnelassa Tuusulassa. Kurssilla harjoitellaan koiran käyttöä, ruokintaa ja hoitoa. Kuten peruskoulutuksessa, myös yhteistyökurssilla edetään koulutuksessa hitaasti. Koiran täytyy kurssin aikana tottua uuteen käyttäjäänsä ja ottaa etäisyyttä kouluttajaansa.
Aluksi opetellaan Onnelan alueella tie koirien jaloittelupaikalle ja sieltä takaisin majoitushuoneeseen, jossa koira asuu yhdessä käyttäjänsä kanssa. Koiran työskentelyä häiritsee parin ensimmäisen päivän aikana oman kouluttajan puuttuminen opastusvaljaiden toisesta päästä. Hämmästyttävän nopeasti se kuitenkin omaksuu uuden käyttäjänsä isännäkseen tai emännäkseen.
Ensimmäisestä päivästä lähtien kurssilaiset huolehtivat kouluttajien opastuksella koiriensa ruokinnasta ja hoidosta. Oppitunneilla kerrataan kaikki käytännössä opetellut asiat. Ensikertalaisille kurssikokemus on aluksi jännittävä.
Varsinainen opaskoirankäytön harjoittelu aloitetaan Onnelasta käsin maaseutuympäristössä. Välillä harjoitellaan koiran hallintaa taluttimessa. Koulutusrupeamat kestävät kerrallaan yhdestä kahteen tuntiin. Ensimmäisen kurssiviikon lopulla aloitetaan kaupunkiharjoittelu Keravalla ja Järvenpäässä.
Kurssin toisella viikolla harjoitellaan tiiviimmin kaupungissa. Jalkakäytävillä liikkumisen lisäksi harjoitellaan kaupoissa, pankeissa, kahviloissa ja muissa rakennuksissa liikkumista. Koira alkaa tavallisesti kurssin toisella viikolla taantua ja vastustaa koulutusta, koska sopeutuminen uuden isännän tai emännän kanssa elämiseen on kesken. Taantuman täytyy tulla kurssin aikana, muuten asiat eivät ole kohdallaan, sanovat kokeneet kouluttajat. Ilman vastoinkäymisiä koulutuksessa opaskoirakon yhteistyöstä ei tule kunnollista.
Kurssin kolmannella viikolla hiotaan koirakon yhteistyötä ja koiran opastustaitoja. Silloin harjoitellaan myös metsäpolulla, esteissä sekä suoritetaan hallittavuuskoulutusta ja harjoitellaan koiran luoksetuloa vapaudesta. Mielenkiintoista on, että koira tuleekin nyt kutsuttaessa kouluttajan asemesta uuden käyttäjänsä luo. Opaskoirakko on valmis aloittamaan yhteisen taipaleensa kotona.
Kurssin lopuksi suoritetaan opaskoiran käyttöönottokatselmus. Katselmuksen suorittaa opaskoiratoiminnan rahoittajien nimeämä henkilö yhdessä koulun johtajan tai johtavan kouluttajan kanssa.
Yhteistyökoulutus voidaan suorittaa myös koirankäyttäjän kotoa käsin. Joskus kurssilaisen on terveys- tai muista syistä johtuen vaikea tulla kurssille. Kouluttaja luovuttaa koiran suoraan kotiin ja yhteistyötä harjoitellaan silloin niillä reiteillä, joita koirakko tulee muutenkin liikkumaan.